La ricerca è l'attività fondamentale di Fabbrica della Bioenergia e la ragione del suo essere incardinata all'interno del Politecnico di Milano. 

I progetti sono finanziati da bandi competitivi portati all'attenzione della Fabbrica della Bioenergia da soggetti privati e pubblici.

I temi innovativi attualmente attivi sono: 

 

Nei seguenti link sono presentati i principali progetti di ricerca, le pubblicazioni scientifiche e principali collaborazioni tra Fabbrica della Bioenergia ed enti nazionali ed internazionali: